医疗污水的不正确排放对环境资源会造成较大的危害，而真正能够达到国家排放标准的又很少。目前，环保意识的薄弱及处理方法的不正确造成了医疗直排、各大医院和疾控中心存在的“高污染，低治理”现状。
根据相关资料，与工业废水相比，医疗废水对环境的影响更大，危害也更大。医院在运行过程中，不可避免地产生了具有直接或者间接感染性、毒性以及其他危害性的废水，这些废水的来源决定了其成分复杂性，涉及多种生物性、化学性或放射性污染。
1.医院、卫生院、医疗机构需要执行《医疗机构水污染排放标准》GB18466-2005中的标准。
2.医疗机构污水处理的程度，主要是根据污水的排向而定，本着安全、环保、节能、减排、增效的基本原则，选择技术前瞻、工艺可靠、工程投资经济、处理效果稳定、处理流程简化、运转费用经济、操作管理简单的污水处理工艺。
3.综合医疗机构(县级或20张床位以下和其他所有医疗)机构，无论排放到何处，较低要求必须经消毒处理后方可排放。可以采用的装置有虹吸式二氧化氯消毒装置以及自动同步双虹吸医院污水消毒装置。
疾控中心污水处理设备处理后污水可达以下排放依据：
《污水综合排放》GB8978-1996。
《城镇污水处理厂污染物排放》GB18918-2002。
《机构水污染物排放》GB18466-2005。
《污水城市下水道水质》 GB/T 31962-2015。
